Zur Ausbildung der Heilpraktiker/innen unterhält der Heilpraktikerverband Bayern e.V. die Heilpraktiker-Schule »Josef Angerer«, Berufsfachschule für Naturheilweisen in München. Sie ist benannt nach Josef Angerer, einem der bedeutendsten Heilpraktiker der Nachkriegszeit, der sich große Verdienste um den Beruf des Heilpraktikers erworben hat. Die Heilpraktiker-Schule "Josef Angerer" ist die älteste Ausbildungsstätte für Heilpraktiker/innen in Deutschland. Sie geht auf eine Gründung des Berufsverbandes im Jahre 1936 zurück und wurde nach der Aufhebung des Ausbildungsverbots für Heilpraktiker aus der Nazizeit wiedergegründet.

In ihr beginnen jedes Jahr im September angehende Kolleginnen und Kollegen ihre insgesamt drei Jahre dauernde Ausbildung, die sie zur eigenverantwortlichen und freien Ausübung des Berufs qualifiziert. 3000 Unterrichtsstunden in neun Trimestern.
Die Ausbildung ist in neun Trimester gegliedert und umfaßt rund 3000 Unterrichtsstunden in allen wichtigen erfahrungsheilkundlichen Diagnose- und Therapiemethoden.
Die Absolventen der Heilpraktiker-Schule werden von einem erfahrenen Kollegium erfahrener Heilpraktiker/innen unterrichtet, die alle langjährige Berufserfahrung in eigener Praxis haben.
Da der Beruf Kenntnisse und Fähigkeiten erfordert, die nur unter persönlicher Anleitung und Einübung erlernt werden können, werden Fernkurse oder Schnellausbildungen strikt abgelehnt. Die Heilpraktiker-Schule verfügt über ein eigenes Labor und einen Kneipp-Lehrraum sowie modernste audiovisuelle Lehrmittel.

Der Heilpraktiker-Schule ist ein Ambulatorium angegliedert, in dem die Absolventen im dritten Ausbildungsjahr unter Anleitung erfahrener Heilpraktiker/innen Praxis in der Patientenbehandlung erwerben. Die Ausbildung erfolgt auf der Grundlage eines Schulvertrages.